CGI用にcgi-binディレクトリが設置されています。
実際にはCGIはどのディレクトリでも動作しますが、cgi-binにおいた方がセキュリティが高くなります。といいますのは、cgi-binに置いた画像ファイルやhtmlファイル、データファイル（テキストファイル）は、ブラウザから直接アクセスできないようになっています。ですので、顧客情報など大切なデータを扱う場合は、cgi-binディレクトリにファイルやスクリプトを置いた方がいいです。反対に、画像ファイルをリンクでひっぱてくるBBSなどではその画像ファイルをcgi-bin以外のディレクトリから呼び込んでこなくてはなりませんので、パスの設定が面倒くさくなります。このようなCGIは別のディレクトリ（例えば、cgi）を作って、その中に置いた方がいいかもしれません。
perlのパスは、#!/usr/bin/perlで、 sendmailのパスは、/bin/sendmailです。
なお、cgiをご利用になるときはスクリプトにエラーがないか十分にチェックしてからアップして下さい。cgiのエラーでサーバーに過大負荷がかかると、損害賠償の請求があるときがあります。